提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
心血管病患者感染后应坚持合理用药******
心血管病患者感染后应坚持合理用药(服务窗·科学防疫)
冬春季天气较冷,如果经常劳累、激动、饱餐,心脏病、高血压等心血管病的发病率会增加。发烧时心跳加快是否正常?心血管病患者感染新冠病毒是否会加重原有病情?如何合理用药?记者采访了北京安贞医院常务副院长周玉杰。
发烧是很多人感染新冠病毒后的典型症状。周玉杰说,发烧时心跳加快是正常现象。体温每升高1摄氏度,心率会升高10—12次,当体温超过39摄氏度,心跳会变得很快,甚至可以听到怦怦的心跳声。若心跳快的同时出现心慌气短、动辄气喘的症状,需要及时就医。如果康复期每分钟心跳超过100次,还伴有心慌气短、胸闷症状,要及时去医院查心肌酶、心电图、动态心电图、心功能等,防止病情加重。
周玉杰表示,有基础心脏病的患者,特别是老年患者,感染新冠病毒后,血管内皮功能发生紊乱,血管斑块容易发生炎性反应,血栓的发生率可能也会增高,导致原有心脏病加重。患者在咳嗽、发烧的时间段容易合并低氧血症。一些老年心血管病患者的症状是沉默型表现,有一种“消音器”效果,表现不像年轻人那么明显。这时候不要“等、拖、耗”,一定要及时送医救治。
均衡营养有益于心血管病控制。周玉杰说,在临床中看到的一些心血管病患者,特别是老年患者,表现为合并低钠血症、低钾血症、一定程度的脱水,但患者没有及时适量补充营养和水电解质,导致营养不良和水电解质紊乱,不利于基础病的控制。家属和医护人员要了解老年人平时在餐桌上吃的是什么,一天吃进去多少,大概吸收多少,代谢和排出多少,以此来调整营养摄入。
心血管病患者需要长期用药,合理用药很关键。周玉杰介绍,很多心脏支架术后患者、心脏搭桥患者都要按照医嘱吃抗血小板药12个月,房颤患者还需要长期使用抗凝药。患者感染新冠病毒后,出现发热等症状需要服用对症治疗药物。心血管病患者居家用药一般都有四五种,与所服用的新冠治疗药物可能互相冲突,使得药效发生变化。比如高血压患者发烧时,吃退烧药会导致血压发生波动,因此要随着血压的变化不断调整用药,防止诱发心脑血管疾病。“建议这类患者及时咨询医生,在医生的指导下,减少不良反应,达到优化治疗目的。”(人民日报 记者 申少铁)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)